縣市合併改制直轄市即將在99年12月25日起正式運作，本局受到其中高雄縣市及臺南縣市合併改制的影響，服務轄區自100年1月1日起會有部分調整。
為配合縣市合併改制，自100年1月1日起，除本局「臺南縣分局」更名為「新營分局」、「臺南市分局」更名為「臺南分局」外，另原隸屬本局之高雄縣分局、岡山稽徵所及旗山稽徵所等3個單位改隸屬於高雄市國稅局。縣市合併後，地址的街(路)名稱及門牌號碼不更改，但鄉（鎮、市）改為「區」，「村」改為「里」，例如現行地址「臺南縣新營市中正路15號」將改為「臺南市新營區中正路15號」，現行地址「高雄縣岡山鎮介壽路100號」，將改為「高雄市岡山區介壽路100號」。
本局服務轄區在縣市合併後，雖有部分調整，但民眾辦理各項國稅申報或申請時，例如：100年1月應辦理之99年11-12月期、12月期營業稅申報及99年度各類所得扣（免）繳及股利憑單資料申報，仍是向原稅(戶)籍所在地國稅局所屬分局、稽徵所洽辦，本局已對外發布新聞稿並積極宣導相關事宜以利民眾洽辦公務。