為配合政府組織改造措施，本局自102年1月1日起變更機關名稱為「財政部南區國稅局」，「嘉義市分局」更名為「嘉義分局」、「嘉義縣分局」更名為「太保分局」、「屏東縣分局」更名為「屏東分局」、「臺東縣分局」更名為「臺東分局」、「澎湖縣分局」更名為「澎湖分局」，並將所屬分局及稽徵所原設置第一、二、三及四課（股）改以業務功能命名，分別更名為「營所遺贈稅課（股）」、「綜所稅課（股）」、「銷售稅課（股）」及「服務管理課（股）」，本局已對外發布新聞稿並積極宣導相關事宜，以利民眾洽辦公務。