本局組織改造第1階段科室新組織於100年9月1日開始運作。原服務科研考股業務劃分為規劃設計股及管制考核股，並與稽核科業務合併後成立綜合規劃科，資訊科更名為稅務資訊科。已如期完成組織調整及業務規劃、人員配置及任免遷調與銓審、各項法制作業、預決算處理、財產移轉及辦公廳舍調配、資訊軟硬體調整及檔案移轉等各項工作。
