我國自民國44年修正所得稅法後，即採獨立課稅制，對獨資、合夥及公司等營利事業課徵營利事業所得稅後，再對獨資資本主、合夥事業合夥人及公司股東的營利所得課徵綜合所得稅，造成營利所得重複課稅，使企業傾向以借款而不以募款方式籌措資金，並造成公司藉盈餘的保留為股東規避稅負等缺失，不能符合國家現階段經濟發展需要。為建立低稅負、無障礙投資環境，提昇國家競爭力，並建立公平合理稅制，爰自87年起實施兩稅合一制，採用設算扣抵法。

我國兩稅合一制，依照所得稅法第3條之1規定，營利事業繳納屬於87年度或以後年度的營利事業所得稅，可由獨資資本主、合夥事業合夥人或公司個人股東，依規定扣抵其應納的綜合所得稅；獨資資本主、合夥事業合夥人或公司個人股東，應將獲配股利淨額或盈餘淨額，連同可扣抵稅額，列報為盈餘總額，申報課稅，並以可扣抵稅額扣抵其應納綜合所得稅額，扣抵有餘，還可獲得退稅。

另實施兩稅合一後，由於綜合所得稅最高稅率為40%，而營利事業所得稅最高稅率為25%，兩者相差15個百分點。為了縮小營利事業所得稅與綜合所得稅稅率的差距，並避免擴大享有租稅減免與未享受租稅減免公司間的不公平，乃併予規定每一年度未分配盈餘加徵10%營利事業所得稅的配套措施。

自104年度起，兩稅合一完全設算扣抵制修正為半數設算扣抵制，並自107年起進一步廢除兩稅合一設算扣抵制，改採股利課稅新制，未分配盈餘加徵營利事業所得稅稅率亦由10%調降為5%，以建立符合國際趨勢且具競爭力之稅制。