民國14年7月1日，中華民國國民政府成立於廣州。舊址位於今廣州越華路以及吉祥路交叉口東北角，建築物原為清代的兩廣總督都署，今日已經無存，只有大門四柱一門的門柱尚存，同時有一對石獅對望。石柱雕形優美，並且有藍色琉璃瓦裝飾，甚是華貴典雅。

16年8月25日，國民政府正式定都於南京，財政部也隨同遷往，當時南京被定為特別市，英國劍橋大學畢業，並且在歐美各國考察過市政建設的劉紀文，被任命為南京特別市市長，劉紀文上任之初，就以整頓市容，發展建設為重點，希望改變當時南京「教育幼稚、實業凋敝、市廛湫隘、道路不平」的景況。

劉紀文利用國民政府籌備  中山先生奉安大典的機會，闢建出長達12公里的中山大道，作為南京都市規劃中的中軸幹線。南京國民政府財政部舊址位於今中山東路128號，鄰近南京市商業鬧區的新街口，建築物由當時著名的馥記營造廠承建，馥記營造廠由陶桂林創辦，曾經負責興建上海著名的國際飯店、大新公司、公和祥碼頭，南京中國銀行，以及臺北松山機場國際航空站大廈等建築。

國民政府財政部共建有房屋10幢425間，總建築面積達1萬多平方公尺，內部主要建築物有兩幢，一為鋼筋混凝土結構的西式辦公大樓，另一為財政部長官邸，為磚木結構建築，樓高三層，外觀樸實穩厚，現仍保存。在建設中山東路時，劉紀文並且由上海法租界購入第一批法國梧桐，財政部舊址附近仍可見其蹤跡。

國民政府建都南京期間，財政部陸續推動了關稅自主、幣制改革、稅制改革等等的工作，在這一時期當中，全國銀行、交通、工業等相關建設也在財政部的支援推動下快速增長，逐步形成了現代化國家的樣貌。

由於抗戰爆發，我國金融中樞上海，在戰爭初期首當其衝，中央銀行、中國銀行、交通銀行、農民銀行等國有金融行局，分別派出部分人員，先行撤往長江上游，以利繼續辦公，未幾國都南京即感受敵人威脅，國民政府為持久抗戰，爭取民族最後勝利，毅然決心遷都。

26年11月間，國民政府正式遷都重慶，以重慶作為戰時首都，「此後將以最廣大之規模，從事更持久之戰鬥」，財政部也隨同遷往，繼續擔負戰時理財的重責大任，直至35年4月30日，國民政府頒布還都令，財政部也隨同於5月5日，正式還都南京：

國民政府前為持久抗戰，於二十六年十一月移駐重慶。八年以來，幸賴我忠勇戰士，前仆後繼，堅韌奮鬥。與夫同盟各國，海空並進，比肩作戰，卒使敵寇降伏，膺功克奏。茲者，國土重光，金甌無缺，抗戰之任雖竟，建國之責加重，政府為定於本年五月五日凱旋南京，以慰眾望。