中華民國是亞洲第一個民主共和國，民初政局正歷經革命後的權力重組，政府與民眾還在摸索適應如何肇治共和。在歷史舞台中各佔一席之地的北洋政府與南方護法革命政府，歷經多次的組織變化與成員改組，都設有財政部或財政組織，維持政府職能的運作。

中華民國成立，第一期臨時政府設有財政部，財政部下設有承政廳（相當於秘書處）、庫務司、賦稅司、會計司、錢法司、公債司等單位。民國元年7月18日修正各部官制通則，規定各部設總長、次長各1人，當時財政部除總務廳之外，另外設有賦稅、會計、泉幣、公債、庫藏等5個司，各司設司長1人，參事、僉事、主事、技正、技士各若干人。

2年12月，財政部改設制用局以及賦稅、會計兩司；次年7月，又恢復5個司的編制，並且增設次長一人及秘書員額；16年7月，北洋政府又在財政部下，增設鹽務署、菸酒署、印花稅處、官產處等機構。

在北洋政府之外，國父  孫中山先生因段祺瑞毀棄約法，不願恢復國會，南下號召護法。6年8月31日公布的中華民國軍政府組織大綱中，於軍政府下，設有財政部，首長稱為總長；7年5月18日，總長改稱為部長。10年5月，中華民國政府組織大綱中，也設有財政部。

11年1月16日，  孫中山先生任陸海軍大元帥領導的革命政府，制訂大本營條例，在大本營下設置度支處，掌管大本營金錢、出納、預算、決算及籌備軍隊事宜，作為北伐隨軍的財務機關。

12年3月組織的陸海軍大元帥大本營，又正式設置財政部，設有總務廳、賦稅局與錢幣局，由部長、次長各1人負責政務。

13年4月，  孫中山先生親自起草公布國民政府建國大綱。當中提出國民政府的主要任務是本革命之三民主義、五權憲法，以建設中華民國。國民政府建國大綱當中，規定行政院暫設的8個部當中，其一即為財政部。

14年7月1日，國民政府按照中華民國國民政府組織法成立，其中第6條規定，國民政府設置軍事、外交、財政各部，每部設部長1人，以委員兼任之，當時由廖仲愷擔任常務委員兼財政部部長。

7月24日，國民政府制定公布國民政府財政部組織法，財政部直隸於國民政府，設有部長1人、國庫主任1人，秘書3人，辦事員、書記官若干人。同年9月，宋子文擔任財政部部長，逐漸推動廣東省境內的財政統一，並擴大財政部的組織，陸續調整設立籌餉總處、禁煙總處、印稅總處、內國公債處、田賦清理處、改良稅捐委員會、總務處等機構，另外又將原本屬於廣東省政府的沙田清理處、煤油專賣處、爆烈品專賣處、烟酒公賣處，收歸財政部統轄。

15年2月，財政部增設財政部鹽務總處、鹽警隊、稅務總處、緝私衛商管理委員會等機構，8月成立統計處，透過機構創設，結合制度調整，提高了稅收稽徵效率，增強了國民政府的運作實力。

15年7月9日，國民革命軍誓師北伐，隨著北伐興師，財政部也配合軍事上的需要調整組織，至當年底為止，財政部下設有秘書、總務、統計、稅務、鹽務、菸酒、印花、禁煙、公債、官產等10個處、賦稅、泉幣、庫藏3個局，以及中央銀行等機構。

14年10月，宋子文就任財政部部長不久後，因為各軍事機關紛紛要求增加開支，宋氏函請成立預算委員會，與軍政機關議定財政分配辦法，預算委員會由譚延闓、古應芬、伍朝樞、譚平山、甘乃光等擔任委員，以譚延闓為主席，並且邀請蘇聯的伊斯邁洛夫擔任顧問。

預算委員會陸續提出了許多相當新穎的建議，咸信其中許多出自伊斯邁洛夫的手筆。包括集中政府各機關大宗物料的購買，成立物料購買委員會；養成財政人才，設立財政人員養成所，教授財政學、預算學、租稅、幣制等課程，並分設租稅組與理財及預算組；設立財政部稽核科；增加國營企業收入，改善當時郵政與鐵路的服務品質。

預算委員會並且建議，政府應該統一財政，建立收支相符的中央與地方預算，改善國家租稅制度，創立幣制，改良銀行政策與國家公債政策。

擔任顧問的伊斯邁洛夫還指出，直接稅項是最公平之徵收，但是目下政府卻盡力推度比較容易徵收的間接稅項。他建議政府廢除苛捐雜稅，以農稅、商業稅、工業稅、手作業稅等少數基本稅項代替，並且取締不論民政軍政人員都可徵收稅項的陋習，以財政部作為唯一設立及徵收稅項的機關：

政府必須廢除層層抽徵的釐金，代替以一次稽徵，稅率不同的貨物稅，以利提升民眾的購買力。重新鑄造新幣，分為大洋與助幣（輔幣）兩種歸格，推動中央銀行紙幣作為國幣，不准其他銀行發行，並且有相應的擔保準備。這些建議事項，未在當時迅速執行，但是與之後財政部的整體改革方向，恰是不謀而合。

16年8月10日，財政部修正組織法，當時國民政府已經定都南京，組織法第1條即規定，「財政部直隸於國民政府，管轄各省區稅務、國庫、公債、錢幣、會計、出納暨其他一切財政，並監督所轄各機關及公共團體之財政，財政部下設總務廳、關稅處、鹽務處、土地處、賦稅司、錢幣司、公債司、會計司、國庫司」，共有1廳、3處、5司的編制。

在這一時期當中，北伐戰事正繼續進行，為免財政立法過程曠日廢時，無法因應時需，於當年10月起擔任財政部長的孫科，建議財政部各種暫行章程條例，請國民政府可隨時用部令的形式加以公告，等到著有成效之後，再正式完成立法程序：

我國幅員遼闊，各省財政情形迥別，應付方法不能雷同，為便利辦事，隨時隨地皆須有章程規則以資利用。以前法律須行修改均須由政府公佈，用意未嘗不善，然手續繁重，往往一種法律自草訂以迄公佈之日，事實已屢經變更不能適用。

16年11月14日，國民政府修正國民政府財政部組織法，下設有秘書處、菸酒稅處、印花稅處、禁烟處等4個處，關務署、鹽務署等2個署，賦稅司、公債司、錢幣司、國庫司、會計司等5個司，另可因徵收必要設置其他機關或人員。並增設次長為2人，秘書長1人。

為了維護財政統一，其中第3條並且特別明文規定：

財政部於主管事務，對於各地方最高級行政官長之命令或處分，認為違背法令或逾越權限者，得呈請國民政府制裁之。

12月29日，孫科呈文擬定財政部直轄各機關組織通則13條及附表，訂定各機關員額標準，改善過去所轄機關組織與人員薪資不一的情況。

17年5月25日財政部修正組織法，增設總務處，之後錢幣司一度改為金融監理局，10月份開始，財政部改隸屬五院中的行政院。

同年12月8日，財政部將總務處改為總務司，裁撤禁烟處，並且將次長劃分為政務次長與常任次長。18年5月9日，因煤油稅改歸海關徵收，因此將捲菸煤油稅處改為捲菸統稅處，次年將印花稅處、菸酒稅處合併為印花菸酒稅處。

20年1月時，財政部將捲菸統稅處改為統稅處；2月21日，常任次長改制為常務次長。次年7月時，印花稅業務併入統稅署，改制為稅務署。

17年12月底，東北宣告易幟，全國正式統一，次年元月21日，國民政府設立財政委員會，取代原本的預算委員會，規定「在國家預算未成立以前，所有軍政各費，悉由本會核定後交財政部執行之。」

在這一時期中，國民政府希望推動軍隊編遣裁兵，財政委員會力求控制財務，撙節國用。財政委員會設有委員長1人，委員若干人，由中央黨部執監委員各2人，編遣委員會常務委員，以及行政院正、副院長、監察院正、副院長，審計部長、財政部長等成員擔任，由譚延闓擔任委員長。

但隨著編遣共識破裂，爆發中原大戰，財政委員會並沒有發揮預期的效果，19年7月時，國民政府決議「財政委員會自18年1月成立以來，開會甚少，現在19年度預算既經決定，不歸該會審核，似應將該會裁撤，以節費用，所有案卷等件可移交政治會議接收。」但是財政委員會之後呈文，各機關仍前後源源不絕送入預算，必須延至當年9月30日清理完畢，可見初初萌芽的國家財政預算制度，並未能夠在時程中準確控管進度。

20年9月，「九一八事變」爆發後，東北重要城鎮先後淪陷，行政院長  蔣中正提議重新組織國民政府財政委員會：

自外交緊急，金融奇緊，整理財政尤為中外觀瞻所繫，茲擬仍行設立財政委員會，以其通力合作，實施公開，組織大綱參照18年份頒佈原案稍事變通。

新組織的行政院財政委員會，委員包括蔣中正、林森、于右任、宋子文、何應欽、李煜瀛、邵元冲、張學良、徐永昌、榮宗敬、劉鴻生、范旭東、虞和德、張公權、李馥蓀、吳達詮、周作民、顧孟餘、胡適、馬寅初、朱家驊、楊銓等重要政府官員、金融實業領袖與經濟專家，顯有利用財政委員會，團結內部意見，協謀財政改進，一致應付外局的意義。

行政院財政委員會的主要職掌是整理財政、審核預算、審核公債發行、稽核報銷、公布收支帳目等工作。並同時特別規定：

軍費之支出，以國防及綏靖地方所需者為限，對於國內戰爭之負擔，全國財政委員會應拒絕之。

國民政府成立時，財政非常困窘，財政部為求迅速增進稅收，首先加強稽徵機關；定都南京後，逐步發展改制，形成了影響迄今的主要組織架構。在財政部之外，歷次預算委員會與財政委員會的成立，吸納來自國內重要產官學者的意見，並且參酌國外顧問的意見，對於財政改革提供了另種助力，這種集思與合議的方式，也成為之後政府推動財政改革時，經常採用的形式，為多次的財政改革做出貢獻。