民國29年1月27日，立法院修正通過財政部組織法，將國庫司改為國庫署，直接稅事務處改為直接稅處，當時的財政部下設有3署、5司與2處，分別是：關務署、稅務署、國庫署、總務司、鹽政司、賦稅司、公債司、錢幣司、直接稅處，以及會計處。

其中，稅務署掌理關於國內各種貨物稅之管理徵收與計劃改進事項，以及關稅、鹽稅、直接稅、印花稅以外之新辦各稅之管理徵收與計畫改進事項；賦稅司負責不屬於關務署、稅務署、鹽政司及直接稅處主管的其他國稅研究計劃與籌備事項，以及關於公有財產的監督及考核事項；直接稅處主管全國所得稅、遺產稅及其他直接稅的徵收，並且兼辦印花稅徵收事項。

同年2月21日，立法院通過財政部直接稅處組織法，下設有3科：第1科主管所得稅及過份利得稅，第2科主管遺產稅及印花稅，第3科掌管文件收發、繕校保管、印信、職員、表單票證簿冊、庶務出納；

為了有效稽徵直接稅，組織法中又規定，直接稅處在每一省、兩省或者直轄市設置直接稅局，辦理各稅的徵收事務，省局以下也可酌予設立分局。

29年3月26日，國民政府公布財政部國庫署組織法。次年10月21日，財政部呈文行政院建議修正國庫署組織法，因為當時推行公庫制度，機關單位遽增，各省市的財政，又將從31年起，改由國庫統一處理；此外為了供應戰時糧食所需，田賦改採徵收實物制度，繳納的農產品成為國庫庫款的一部份，必須根據實務種類數量與折價，編入預算當中；內外債管理與統計事務也有賴增編組織員額加強管理，種種事務使國庫署應接不暇，勢必需要修正國庫署組織法加以因應。

修法之前國庫署原本編制有4科，第1科為總務科，第2科掌理國庫普通收入，第3科掌管國庫普通建設及特別支出，第4科主管國庫特種基金，另設有會計室掌管國庫會計與統計。

財政部建議再行增設兩科，一科掌管各省市普通及特別支出查核登記報告事項，另一科主管債款捐款及實物收支查核劃撥登記報告事項，並且按照中央各機關及財政部稅務署的成例，成立統計室，同時因應需求增設員額。

30年11月1日，立法院修正將統計主任改為統計長，並且增設編譯人員。

32年3月31日，財政部組織法再度修正，賦稅司改為地方財政司，直接稅處改為直接稅署，新設緝私署、專賣事業司與人事處。財政部下設國庫、直接稅、關務、稅務、緝私等5個署，錢幣、公債、鹽政、專賣事業、地方財政、總務等6個司，人事、會計、統計等3個處。

這一階段的財政部組織修正，主要是為了因應抗戰中期，日益吃緊的財政需求，為統合戰時政出多門的走私查緝機關，成立財政部緝私署；為推動戰時專賣政策，成立財政部專賣事業署。

財政部首任緝私署署長由國民政府軍事委員會調查統計局副局長戴笠將軍出任，與另外一支曾直屬於財政部，兩度參加淞滬戰役的軍事單位—財政部稅警總團，同為戰時的財政部組織，增添了一抹軍事與傳奇色彩。