民國24年9月，國民政府修正「設置中央各機關會計人員辦法」，其中第1項規定，財政部、鐵道部、交通部、軍政部、海軍部，各設會計處，由主計處呈請任命會計長，掌管該處事務，並受部長之指揮監督。

當時的財政部長孔祥熙，呈文主張由財政部設置計核司，他指出財政部是財物行政總匯之區，與鐵道、交通、軍政、海軍等部情形不同，財政部與會計相關的經辦事務，除了財物統計之外，還包括了關於財政部與所屬機關的歲計會計事務、關於中央財政的總核事務，以及關於地方財政的監督事務兩項。

孔祥熙認為，有關中央與地方財務的總核及監督，屬於財政部的主管事務，具體執行的事項包括了中央總概算的初步審查、中央追加概算的籌畫財源、中央與地方相互撥補、中央各機關請款書類的查核，以及省市地方概算審查簽證、縣市地方預算考察、地方政府收支報告查核等事項，因此建議設置計核司。

孔祥熙的此項建議並未獲得通過，但他仍推動完成了其他財政部組織法的修正工作。25年7月，財政部鹽務署改為鹽務司，會計司改為會計處，設有會計長、統計主任各1人，另設立鹽務總局；同時通過財政部關務署組織法，下設有總務科、關政科與稅則科。

另立法通過財政部稅務署組織法，規定稅務署下設7科，第1科掌管總務，第2科負責稅收成績考核及稅款徵收報解，第3科管理捲菸菸葉稅，第4科管理棉紗、鑛產各稅，第5科管理火柴、水泥、麥粉各稅、第6科管理火酒、啤酒、洋酒、土菸、土酒及印花各稅、第7科管理防漏稅、沒收貨物及稅警編制指揮訓練。

另在財政部鹽務總局組織法規定，鹽務總局設總務科、稅務科、產銷科、稅警科與經理科等單位。

25年6月，中國國民黨中央執行委員會政治委員會討論25年度國家普通總概算時，在座委員認為各國預算、歲入多半以所得稅居於首位，當時我國歲入卻以關稅與鹽稅等間接稅為主，無法根據能力課稅，使得國用不足，民生困乏，決議及早開辦所得稅。

同年7月，政府公布所得稅暫行條例，將所得分為營利事業所得與薪給報酬所得兩種，並且配合設立財政部所得稅事務處，之後又改為財政部直接稅事務處。

28年9月，財政部修正組織法，改國庫司為國庫署，直接稅事務處為直接稅處，並且訂定財政部國庫署組織法，與財政部直接稅處組織法。

財政部國庫署組織法，規定國庫署設有5科：第1科主管公庫事務監督指揮暨推進事項，第2科主管關於國家歲入預算及分配預算之登記等事項，第3科主管關於國家歲出預算及分配預算之登記等事項，第4科主管關於國家特種基金收支預算分配預算之登記等事項，第5科主管關於國家歲入歲出統制賬目之登記等事項。

直接稅處組織法規定直接稅處下設有稅務科、計核科及事務科，分管直接稅的相關事務，為所得稅的開辦奠定了初步基礎。