民國26年抗戰爆發之後，沿海口岸迅速淪陷，戰爭支出大量增加，稅收來源不斷減少，重要的進口物資無法供應，這些問題都有賴財政部設法調整組織，加以因應。

國內當時許多物資完全仰賴進口，無法自行生產，在市場自然需求之下，由淪陷區走私進口，或者從大後方走私出國，成為普遍的現象。在已淪陷的商埠地區，日軍並未禁止法幣流通，尚未淪入敵手的各地租界，也促進了這種地下貿易繼續進行，四聯總處秘書長徐柏園，曾經分析這種特殊的現象：

租界之存在，致我國統制外匯之辦法，難以澈底施行，國人逃資，敵偽套匯，均不易防止，此其弊也。

但亦因租界之關係，乃能繼續維持法幣在淪陷區之流通，且流通數額，與日俱增，……，利用淪陷區域，繼續消納後方日益增加法幣的一部份，減少通貨膨脹之壓力，……，暗中維持法幣匯價，裨我方得由上海等地繼續大量購運民生日用必需之物資（甚至如軍需署兵工署所購之軍用物資），供應後方之需求，於我亦未嘗無利也。

走私活動盛行，政府無法正常徵稅，囤積居奇的風氣，更影響戰時物資的供應，政府必須加強查緝走私的工作。但在政出多門之下，抗戰初期負責查緝走私的機關洋洋灑灑，包括了海關查緝科、海關分卡、戰區貨運稽查處、水陸交通統一檢查處、財政部稅務署、鹽務稽查隊、戰區經濟游擊隊、日貨檢查隊、對敵經濟封鎖委員會、戰區經濟委員會、軍事委員會辦公廳特檢處、經濟檢查隊等諸多單位。

財政部另外於28年11月設立貨運稽查處，防止貨物私運，在接近戰區要衝，設置稽查單位，下設有查緝組、稅務組與總務組。上述各種緝私單位名目繁多，隸屬混亂，不僅未能發揮預期的查緝效果，甚至有不肖份子假借查私，敲詐勒索，妨礙正常經濟秩序的情事不斷發生。

為了統一緝私事權，29年下半年時，財政部決定成立統一的緝私機構—財政部緝私處，將財政部緝私處組織章程，以及加強緝私組織方案送交立法院審議：

為集中緝私武力，便於調撥訓練起見，擬設立緝私處，以專責成，擬定緝私處組織規程草案，意在統一緝私事權，加強緝私力量，使其得以指揮便利，增進效能，達到杜絕私運，鞏固經濟防線之目的，而與關鹽統等稅收機關原有之稽徵巡察職權，亦不相妨礙。

根據財政部緝私處組織章程中的制度設計，緝私處承財政部長之命，辦理全國緝私事宜，所有部屬緝私隊警，統一交由緝私處負責監督指揮訓練調遣。

緝私處下設秘書室、督察室、編練科、查緝科、司法科、經理科及總務科，並且由司法科附設看守所，經理科附設倉庫，緝私處的首任處長，由負責軍事情報工作的軍事委員會調查統計局副局長戴笠兼任。

由於國家整體財源短絀，走私不僅是商民獲取暴利的方式，也被許多地方勢力與軍隊組織用以維持待遇供應，緝私工作因此格外複雜艱難，財政部就曾經指出，「走私情形複雜，如梟匪流氓之武裝走私，不肖團隊之武裝包庇，甚至敵偽勾結奸商，以走私而實行其間諜活動，以走私而掩護其軍事行動。」但是職責所在，統合緝私工作仍繼續進行，31年2月時，財政部將緝私處改為緝私署，在各省設置緝私處，並在各地設立查緝所。

財政部提高緝私處位階，擴大緝私處編制，主要因為當時財政部力圖增加中央稅源，將各種省稅交由中央接管統籌，並且預備開辦專賣事業，財政部查緝走私的工作，更為艱鉅重要；緝私處處長戴笠並且建議，將查緝物資走私的任務，也交由財政部緝私處辦理，若希望在各地分佈綿密的緝私網，現有緝私處的編制，顯然不敷足用：

即如編練一項，須負責編制、配備、整理、調遣，與夫補充訓練等事宜，具有軍令軍政軍訓及後勤之使命，兼寓有參謀、政訓兩種機能之任務，設置一科主管，實難勝任，其他各科，在業務之負荷，其力量亦同感不足，以適應事機之需要，茲擬將緝私處改稱為緝私署，另擬財政部緝私署組織規程。

財政部緝私處升格為緝私署後，戴笠升任署長，馬策擔任副署長，下設有編練、查緝、偵訊、經理、總務、及醫務等6個處，以及會計室、統計室2個室，編制278員。

緝私署陸續在四川、西康、雲南、貴州、湖南、湖北、安徽、江西、陝西、甘肅、寧夏、綏遠、河南、廣東、廣西、福建與浙江共設置了17個省緝私處、129個查緝所，以及449個查緝分所，有職員3,956人，並且先後改編各地稅警團隊20個團，緝私團隊在各地擔任財政部所屬國稅、專賣貿易機關保產護運工作及警戒事務，形成了全國性的緝私網路。

根據財政部緝私署統計，31年間，該署緝獲走私漏稅案件數量共有23,406起，次年增加到50,857起，其中，查獲貨物稅的走私偷漏案件大幅增加，對於減少政府稅收漏失頗有貢獻，並查緝出部分政府公務人員，利用職權之便，走私囤積的不法現象，但在國家整體財政日益劣化的大環境影響下，走私仍難根除：

自緝政統一，查禁嚴密後，奸商走私日漸困難，因有勾結不肖軍人及地方武力以為護符之情事發生，財政部警力單薄，不敷分配，以致查緝業務深受影響。

32年1月29日，軍事委員會委員長  蔣中正訓令各緝私署監察處等，切實改正苛擾商旅之檢查，顯見緝私署設立後，各地仍不免有檢查擾民的情形；緝私署查緝後，案件移送各主管機關，往往懸而不決，也影響了緝私效能，財政部統計31年各省緝私處共查緝的23,993案中，次年5月時，獲得結案的，僅5,375案，佔22.4％，「不獨影響國庫收入，抑且有害緝務推行及政府威信。」

隨著抗戰進入尾聲，財政部緝私署的階段性任務也告一段落，陸續減縮編制，降低員額，並且於34年6月正式結束，緝私事務仍交由海關負責。

抗戰期間，財政部的其他部屬單位也先後進行組織調整工作，包括調整賦稅署職掌編制、新設公債司核銷債務處、增加金融檢查人員、改賦稅司為地方財政司、新設專賣事業司、增設鹽務總局官運處、改設鹽務局，並且修改關務署組織法等等。

31年1月，立法院修正通過財政部稅務署組織法，當時印花稅已改由直接稅處辦理，稅務署因此修正組織法，承財政部部長之命，掌理全國貨物出產稅、貨物出廠稅、貨物取締稅，以及不屬於關務署、直接稅處所征之新辦各稅事務，並修改人員編制。

在公債經理部分，17年開始，各項公債庫券由設立於上海的駐滬核銷債券處負責辦理，經費開支，在國債基金管理委員會在經管基金存款利息項下支撥；直到抗戰爆發之前，做為全國金融中心的上海，是公債主要的交易集中地。

抗戰爆發之後，上海於26年8月捲入戰火，11月間淪陷。財政部於30年12月間呈文，因政府西遷，多半的債票息票已改寄交重慶與香港兩地點收，同時債票發行，也以陪都重慶為主，因此請將駐滬核銷債務處移設重慶，並且改名為財政部公債司核銷債務處，各項經費開支，另造預算，改由國庫撥發，香港、上海兩地，酌派人員分駐處理。

33年4月，財政部又呈請將整理省公債委員會依期限結束。前在30年10月時，財政部依照第三次全國財政會議決議，設立整理省公債委員會，辦理各省省公債的接收與整理，按照原訂計劃，在33年上半年底結束工作，並且將各項交接事項，移交財政部公債司核銷債務處負責辦理，另外加設1組，主辦省債整理以及換發事務。

30年底，財政部派員在重慶、成都、桂林、貴陽進行銀行金融總檢查，未幾日軍發動珍珠港事變，以及南侵作戰，物資進口大受影響。財政部認為，由於金融檢查嚴密得法，使得金融業「不僅本身未敢運用大量資金，密事囤積，抑且竭力收縮信貸，使一般商民不能放手收購，致市場物價，際此空前劇變，波動尚不過巨」，顯見戰時金融管理，確實有加強的必要，因此在次年2月，呈請在部內增設稽核人員，根據非常時期管理銀行暫行辦法，辦理金融檢查事宜。

30年11月，財政部改訂財政收支系統，將財政劃分為國家財政與自治財政兩大系統，將省級財政納入國家財政系統當中，並且確立了以縣（市）為單位的自治財政，力圖達成財政統一調遣與縣級地方自治的理念，為了因應這項重大的財政改革，呈請將賦稅司改為地方財政司，重訂職掌，並於部內增設督導專員。

賦稅司在民國初年起，主管田賦與國地稅捐事項，隨著國稅另設主管機關，田賦也由17年起劃歸地方，賦稅司於是成為省縣地方財政的監督機構，並且繼續主管田賦，但因為改訂財政系統，另行設立機構管理徵實田賦，使得賦稅司僅有主管全國自治財政職能，並且監督各省的財務行政，財政部於是呈請，將賦稅司改為地方財政司：

為循名覈實計，該司名稱及職掌自應另予調整，又查改定財政系統原案之目的，一面在鞏固戰時國家財政基礎，加強中央統籌之力量，一面在樹立自治財政系統，推行新縣制，實行地方自治，期以健全基層政治。

31年6月間，財政部為推行專賣政策，設立專賣事業司，以充實抗戰財源，發展國家經濟。鹽類專賣主要就原有機構予以充實；食糖專賣首先在川、康區設局實施；火柴專賣成立公司，先就四川、西康、貴州、雲南開始實施，菸類專賣另行開始籌辦。

33年底，財政部調整專賣機構，分別裁撤菸類專賣局與火柴專賣公司，並且將專賣事業司改組為專賣事業管理局，下設有業務處、財務處、總務處、技術室等單位，並視需要分別設置各省區專賣事業局。

34年2月，行政院會議決定裁撤食鹽、捲菸、火柴等專賣機構，專賣物品仍透過徵稅方式進行，一併廢止財政部專賣事業管理局組織條例、財政部各省區專賣事業局組織條例，以及戰時專賣暫行條例。

在數項專賣品當中，食鹽的民生地位非常重要。30年7月間，財政部認為鹽務制度應該採用民製、官收、官運、商銷的原則，在各鹽區舉辦官運，呈請在鹽務總局當中設立官運處。

34年8月間，財政部並重新將鹽政司與鹽務總局，合併改組為鹽務局，掌理全國鹽務行政及有關業務，並兼管硝磺及鹽警事宜，下設總務處、財務處、場產處以及運銷處。

財政部指出，民國初年開始，中央鹽務機構分設有鹽務署，以及鹽務稽核總所，由鹽務署掌理鹽務行政，鹽務稽核總所掌理徵收鹽稅及清償外債；16年以後，鹽務稽核總所職權逐漸擴張；26年時，鹽務署改組為鹽政司，鹽務稽核總所改組為鹽務總局，分別掌理鹽務行政與業務，但實際上，「行政與業務往往互相關連，殊不免互相牽制，且本為一種事務而分作兩重機構，彼此意見容有不同，文書往返，諸費周折，更不免減削行政效能」，久有改訂的意見，為了準備增加場產、準備倉儲、調度資金、策進運輸，因此必須將鹽政司與鹽務總局合併改組為鹽務局。

抗戰開始未久，沿岸海關許多淪入日人之手，關務署為了配合戰時需要，在江西、河南、陝西、甘肅、廣東各省添設海關，並且辦理戰時消費稅，財政部因此在31年5月間，呈請增加副署長1人，以及署內員額。

由上述抗戰期間財政部相關組織法的修正，可以看出國民政府抗戰與建國目標並進的努力，這些制度或涉及戰時財源的籌措，或更進一步，希望強化中央政府機關職能。

隨著抗戰情勢的變遷，相關法令主要影響所及的地區，已經不是抗戰之前的京滬金融菁華地區，而是原本國民政府政令較難布及的西南內陸腹地。抗戰中後期期間，國家財政情況更形艱難，物價飛漲、通貨膨脹，財政部仍試圖調整機構，力撐危局。