自民國32年3月，直到70年間，財政部組織法一直未曾修正，許多單位組織與法制未能符合。

70年時，財政部組織法經大幅修正，反映中央政府遷臺之後，財政部組織歷年的創制與變化；80年財政部組織法因加強推動金融改革與業務調整，再度進行修正，沿用直至今日。

除了財政部組織法的修正之外，財政部各單位的組織條例，在政府遷臺之後，為適應時需，也曾經進行多項的立法工作：

民國69年3月5日，立法院法制、財政委員會審查財政部組織法修正草案，由次長杜均衡列席報告。報告中指出，行憲之前，財政部組織法就因為單位多所變遷，而與實際的情形未盡符合，政府遷臺時，財政部到臺的公務員只有兩百多人，因國難方殷，行政院厲行精簡政策，財政部有許多單位並未恢復，或者加以簡併。

37年8月時，財政部將直接稅署與稅務署合併為國稅署；38年4月，增設田糧署，接替裁撤的糧食部業務；39年時，將國稅署、田糧署、地方財政司合併為賦稅署，秘書處、參事廳、人事廳改為室，會計處與統計處合併為主計室，鹽政司與專賣事業司不設置，員額也由744至926人，改為123人，以撙節開支。

政府遷臺初期，財政部設有國庫、關務、賦稅等3個署，總務、錢幣、公債等3個司，秘書、參事、人事與主計等4個室，並且轄有鹽務總局與海關總稅務司署等機關。

政府運用美援，積極推動出口導向的經濟發展，財政業務也日形繁重，財政部的組織因此而作相應調整。例如將負責對外融通的國際資金室，撥給國庫署；政府外匯由財政部錢幣司承辦；49年底，成立國有財產局；52年將人事室改為人事處；56年恢復設置會計處與統計處；

為配合政府推動財政改革，財政部陸續成立了臺北市國稅局、財稅資料處理及考核中心、訴願審議委員會以及法規委員會；58年為培訓財稅人才，成立財稅人員訓練所；59年成立稅制委員會，並且將部內的敵情研究室與安全室，併入人事處，成立糧鹽司，合併糧鹽業務，又成立臺北區支付處；68年成立高雄市國稅局。

政府遷臺初期，以反攻大陸作為基本國策，財政部組織法的修正也暫不提出，直至費驊出任財政部部長之後，確定以實際情況擬訂組織法，並且由張繼正部長在任內任內提出。

根據財政部的最初提案，希望保留國庫署、關務署、錢幣司、總務司、人事處、會計處、統計處7個單位，撤銷直接稅署、稅務署、緝私署、公債司、專賣事業司與地方財政司；歸併組織法中的直接稅署、稅務署，掌理內地稅業務，修正國庫署、賦稅署、關務署、錢幣司、糧鹽司的執掌，另將糧鹽司擬歸併於經濟部，並且新增法規委員會與秘書室，至於稅制委員會、證券管理委員會、必須設立之其他委員會、以及財稅資料處理中心、海關總稅務司署及財稅人員訓練所等財政部所屬機關組織，另以法律定之。

在立院審議過程當中，委員對於經濟部證券管理委員會是否改隸屬於財政部，海關總稅務司署是否更名，以及錢幣司的定位都有諸多討論，至70年2月2日，財政部組織法正式修正公布施行，全文共27條，明定財政部設關政、金融、總務等3個司，秘書室，人事、會計、統計等3個處，以及法規委員會；並設附屬機關：包括國庫、賦稅兩署、國有財產局、各地區國稅局、各地區支付處、財稅資料處理及考核中心、關稅總局，及財稅人員訓練所、財政部稅制委員會、訴願審議委員會等，並且將原隸屬於經濟部的證券管理委員會，改隸於財政部；財政部糧鹽司及臺灣製鹽總廠，則改隸屬經濟部。

70年代中，財政部大力推動金融改革政策，國內的金融事業也蓬勃發展，金融司的組織型態與人力資源，都不敷因應需求。79年10月，財政部研議將金融司改制為金融局，為部屬行政機關，另將金融司保險科改為保險司，為部內單位，相關組織法修正於80年5月31日公布施行。

為因應金融監理一元化，93年7月1日，行政院金融監督管理委員會正式成立，原隸屬於財政部的保險司、金融局、證券暨期貨管理委員會改隸於行政院金融監督管理委員會，分別成為金融監督管理委員會保險局、金融監督管理委員會銀行局，以及金融監督管理委員會證券期貨局等單位。

102年1月1日，配合行政院組織調整，第九次修正財政部組織法，財政部及所屬三級機關組織法（通則）奉　總統101年2月3日公布制定（修正）， 並經行政院定於102年1月1日施行，財政部主管全國財政，職司國庫及支付業務、賦稅、關務、國有財產、財政資訊、促進民間參與公共建設、所屬財政人員訓練機構之督導等業務。