稅捐稽徵的稅務管理屬於稽徵作業流程中的下游後勤支援作業，包括一系列的工作流程，例如稅捐徵收、稅款劃解、退稅作業、欠稅保全、清算、破產申報債權、違章補徵、行政救濟等管理性作業，統稱為徵課管理。
徵課管理與納稅義務人權益息息相關，由於社會經濟與稅制規劃使得所得稅佔政府賦稅收入的比重日漸提高，納稅義務人也希望政府有效管控人為錯誤，加強徵課管理資訊化，並提供更簡便有效的納稅服務。
財政部財稅資料中心初創之時，各個稅捐系統分別應自身需求開發，具共通性的稅務管理作業並未統一，不僅各種繳款書及表單格式各不相同，稅捐稽徵的會計科目代號與徵課管理制度未標準化，財政部因此於民國73年指示賦稅署與財稅資料中心召集相關機關共同成立「財政部徵課管理統一規劃小組」，研訂稅捐稽徵機關一致的徵課管理作業制度。
由於徵課管理涉及多個機關，唯有透過良好的溝通協調，才能達成共識，鍥而不捨異中求同。
共同研析各相關作業流程，完成徵課管理作業手冊之後，進一步規劃電腦作業系統，將徵課管理就地處理系統，分為「徵課會計」、「徵收管理」、「銷號管理」、「劃解管理」、「退稅管理」與「欠稅管理」相關子系統；另外於財政部建置中央彙總系統，兩者再透過財稅電腦網路予以串連。
76年5月至78年3月規劃小組陸續選擇臺北市與臺北縣稅捐稽徵處，試辦劃解管理、銷號管理、欠稅管理與退稅管理等系統，試辦完成後陸續推廣。系統統一各項稅捐繳款書及管理代號，提升稅款劃解與稅款銷號的效率，同時針對欠稅作業，建立欠稅歸戶索引檔，將相關作業自動化，有助於政府針對欠稅的納稅義務人，加強清理與稽徵；退稅管理亦由電腦審查控管，加快退抵稅處理時間，以維護義務人權益。
77年4月起財政部推動徵課會計制度自動化，統一稅捐稽徵機關業務、管理、會計各個單位的稅捐統計基礎與原則，使各單位提報的數據一致；另有18種原本由人工編制的會計帳務資料，直接透過電腦產出代傳票，節省時效及提升正確性，各項徵課管理資訊也提供其他單位運用，例如出入境管理單位可針對管制資料內的欠稅大戶，限制出入境，提升政府稽徵稅款成效。
79年起，財政部首先規劃開發「繳稅取款委託書」繳稅服務；80年推出「長期約定轉帳」繳稅服務；隨著金融機構自動櫃員機（Auto Teller Machine, ATM）普及化，84年起民眾可利用自動櫃員機轉帳繳稅。
86年配合國稅資訊作業平台移轉計畫，徵課管理資訊化作業再度精進提升，財政部建立納稅服務系統，納稅義務人可跨區申請納稅證明與無欠稅證明；透過整合各地區國稅與地方稅的徵收與欠稅系統，提供跨區核發各類稅款繳稅書服務；徵課管理系統另與地方法院執行處網路連線，稅單可於執行處由國稅局派駐人員直接列印及核算滯納金。90年5、6月間系統正式上線運作，財稅資料中心的角色從早期直接程式開發，改為更有效率的委外控管，運用國內資訊服務產業的競爭優勢，充分節省人事成本，加速各項系統的開發時程。
87年財政部開發電子錢包網際網路繳稅服務；89年起各類所得資料、綜合所得稅結算申報、暫繳申報、營業稅申報、營利事業所得稅申報及各稅繳款陸續可透過網路申報繳納；90年開始精明的消費者也可透過信用卡繳稅，其間各家銀行業者針對這項新商機推出優惠活動，以吸引卡友；93年上路的便利商店繳稅服務，讓全國超過9,000家的便利商店，化身為財稅的虛擬櫃臺，讓民眾於繁忙的工作與生活當中，輕鬆處理個人稅務，更提升了對於財政部施政滿意度。94年財政部更進一步規劃「晶片金融卡網際網路」繳稅服務，提供無時空限制，24小時全天候服務之繳稅環境。
97年配合新的政府會計理論與會計公報，增（修）訂會計制度，徵課會計基礎修改為「修正權責發生基礎」，新增估列應收稅款、備抵呆稅、遞延收入及預估至年度結束日（即次年2月底止）可收數額等相關會計事務處理程序，重新整合建置徵課管理資訊系統，並於98年1月正式上線。
為加速稅款入庫，97年起規劃繳款書全面條碼化，至99年各地金融機關亦可收受有條碼之自動報繳稅單﹝如綜合所得稅、營利事業所得稅、印花稅等﹞或稅捐稽徵機關核定之稅單﹝如房屋稅、地價稅等﹞，並整合規劃各稅捐稽徵機關與財政部財稅資料中心、財金資訊股份有限公司及各代收稅款處間之金資流資訊系統，民眾可在家上網列印自繳稅單，在巷口便利商店繳稅款，簡捷方便。財政部財稅資料中心因推動本案，於100年7月榮獲中華民國銀行公會主辦「精采一百，電子金流業務回顧與展望」慶祝典禮之「金融機構臨櫃代收，稅款金資流作業推動獎」。100年9月更擴大實施工程受益費繳款書條碼化，至此，無論稅、費繳款書已完成全面條碼化作業，納稅義務人可於金融機構或便利商店繳納各項稅費。101年4月財政部為提升便民服務績效 ，提高民眾利用網路繳稅意願，規劃建置「活期（儲蓄）存款帳戶透過網際網路轉帳繳納稅款作業」機制，提供納稅義務人更便捷之繳稅環境，更於101年5月規劃「以繳稅取款委託書繳納綜合所得稅結算申報自繳稅款於提兌日存款不足就存款餘額先行提兌作業」，以降低欠稅量，節省稅捐稽徵機關追繳欠稅投入之人力及時間，同時加速稅款入庫時程，提高國庫資金調度。
99年為簡化稽徵機關處理執行（債權）憑證業務，節省人力成本，規劃行政執行處憑證紙本改以媒體檔提供，以電子公文傳遞方式函送稽徵機關，匯入稅務資訊平台，取代人工逐案掃描作業流程， 100年6月由彰化縣稅務局試辦，於101年12月完成地方稅局推廣作業。
另於99年「賦稅資訊系統整合再造更新計畫」國稅系統委外服務建置案規劃繳款書全面條碼化，建置快速銷號及繳稅金資流整合機制、全國國稅跨局退稅抵欠作業機制、送達歷程資料管制等自動化作業，提升作業效率，另導入電子表單簽核機制、公文函稿與稅務系統銜接，以達節能減碳目標，並於101年10月全面上線。102年11月同屬賦稅再造計畫之地方稅資訊平台全面上線，國稅及地方稅之退稅抵欠機制得以跨平台、跨局及跨轄辦理。
鑑於行動裝置日漸普及，100年起逐步規劃及推動行動化繳稅服務，101年建置網路繳稅服務網站行動版，設計適合以智慧型行動裝置瀏覽及操作的繳稅頁面，便利納稅義務人透過行動裝置繳納稅款。
103年10月於財政部賦稅署、各級稅捐稽徵機關與財政部財政資訊中心之協同合作下開辦行動條碼（QR Code）繳稅服務，納稅義務人透過安裝QR Code APP之智慧型行動裝置掃描繳款書上繳稅行動條碼（QR Code），瀏覽器畫面自動開啟繳稅頁面並詳列各項繳稅資訊，納稅義務人確認資料後，即可選擇支付工具繳納稅款，省時又便利。
配合行政院主計總處104年擬訂「中央政府普通公務單位會計制度之一致規定（草案）」，修正「內地稅徵課會計制度」，作為中央政府各稽徵機關處理徵課會計業務之依據。會計基礎由「修正權責發生基礎」，改採用「權責發生基礎」。
為減輕金融機構臨櫃代收行政執行費作業及稽徵機關稅款銷帳劃解作業之人力負荷，自104年11月起將移送執行費以稅費合一方式徵收並納入金資流作業,透過相關稅務系統的資訊流和財金公司的金流串接，利用三段式條碼整合行政執行費至繳款書，節省民眾等待列印繳費單時間，亦避免銀行拒收執行費或以無條碼稅單方式入暫收稅款，造成稽徵機關後續稅款對帳異常，使得金融機構代收稅款服務更有效率，納稅人繳納稅款更方便、安全又省時，實現節能減碳的理想，並節省稽徵機關執行費收據列印人力與成本，加速縮短結案作業流程，提高結案率，進而達成民眾及稽徵機關雙贏的效果。
105年賡續建置繳稅應用程式介面（Open API），提供有意願之行動支付業者介接財政部繳稅服務，納稅義務人繳稅時可透過行動支付業者Wallet APP之手機信用卡或行動晶片卡支付稅款，免除輸入卡號或無法安裝讀卡機之困擾，同時整合行動條碼（QR Code）繳稅服務，更大幅減省繳稅時間，整個繳稅過程1分鐘內完成，方便快捷。是年，臺灣行動支付公司及簡單行動支付公司加入行動支付繳稅服務，提供綜合所得稅、地價稅、房屋稅及使用牌照稅行動繳稅服務。
依大法官106年2月24日釋字第746號解釋，對滯納金加徵利息欠缺合理性，不符憲法比例原則，與憲法保障人民財產權之意旨有違，故所有稅目之滯納金應不計利息；財政部依大法官釋憲意旨修正相關稅捐法令，財政部財政資訊中心配合修改相關系統，於106年6月正式上線。
為強化全國欠稅清理資訊作業，財政部陸續蒐集各項欠稅人財產資料並提供全國稅捐稽徵機關及行政執行署運用，除欠稅人存款、勞保、健保、營業人稅籍（民國100年前）、徵收補償費（103年）、高爾夫球證（105年）及抵押債權（106年）外，於107年新增蒐集交通部民用航空局及航港局之航空器及船舶所有人資料與臺灣集中保管結算所股份有限公司之集保資料，有效掌握欠稅人可供執行之財產，大幅提升欠稅案件執行成效。
106年4月起，財政部實施地方稅線上及便利商店多媒體服務機（KIOSK）查繳稅服務，納稅義務人可於地方稅網路申報網站查繳所屬使用牌照稅、房屋稅及地價稅定期開徵案件或於全國4大便利商店以多媒體服務機(KIOSK)列印繳納小白單後至櫃台繳納稅款。116年11月，財政部繳稅行動條碼（QR Code）納入由政府、公股金融機構及財金資訊股份有限公司共同制定之「QR Code共通支付標準」繳稅專用規格，並率先應用於「台灣 Pay」行動支付業者APP提供民眾繳稅。
117年，8家公股金融機構及中國信託商業銀行加入行動支付繳稅服務，截至107年12月31日，共11家業者加入行動支付繳稅服務。
107年05月於徵課會計系統修撰會議決議，配合行政院主計總處104年制訂「中央政府普通公務單位會計制度之一致規定（草案）」，修正「內地稅徵課會計制度」，作為地方政府各稽徵機關處理徵課會計業務之依據。會計基礎由「修正權責發生基礎」，改採用「權責發生基礎」，並於108年度開始實施。因應「財政部強化各地區國稅局行政救濟案件答辯品質具體執行措施」第5點第3款施行，財政部財政資訊中心配合修改相關系統，以利管制與回報，於108年7月正式上線。 為有效整合國稅及地方稅稅款保全業務，108年提供國稅及地方稅跨機關自動同步服務，各級稅捐稽徵機關異動保全案件時，案件異動資料自動同步至全國主、協辦機關保全資料庫，即時提供正確及完整全國保全案件處理情形，有助提升欠稅案件執行成效。
另財政部推動擴大線上繳稅服務，共分為3階段，增加各稅可使用信用卡、晶片金融卡及活期（儲蓄）存款繳納稅款，第1階段107年11月上線，違章罰緩及營業稅補徵稅款可使用晶片金融卡及活期（儲蓄）存款帳戶繳納稅款；第2階段於108年8月1日上線，綜合所得稅、個人房屋土地交易所得稅、營業稅、特種貨物及勞務稅、菸酒稅、貨物稅、遺產稅、贈與稅、土地增值稅、房屋稅、牌照稅、地價稅、契稅、印花稅等多項核定補徵、零星及展延案件可使用晶片金融卡、活期（儲蓄）存款及信用卡繳納稅款，各稅違章罰緩增加可使用信用卡方式繳納；第3階段於109年1月1日上線，營利事業所得稅、租稅規避案件加徵滯納金及補徵稅款加徵利息、免加計利息分期繳納案件、分期未繳一次發單、臨時稅、特別稅及娛樂稅等核定稅款及個人房屋土地交易所得稅、特種貨物及勞務稅、菸酒稅及貨物稅自繳稅款可使用晶片金融卡、活期（儲蓄）存款與信用卡繳納稅款。109年4月起玉山銀行、永豐銀行、高雄銀行及三信商銀陸續加入行動支付繳稅服務。
配合財政部108年5月17日台財稅字第10804518100號函，109年9月16日起，便利商店代收稅款限額提升至3萬元，並開放「實體信用卡」、「行動支付」及「電子票證」繳納稅款服務，並擴大開放行動支付繳稅項目，開放稅目包含營業稅、遺產稅、贈與稅、土地增值稅及契稅及開放非本人持有之信用卡繳納查核定類稅款。
109年12月1日財政部繳稅服務網站取得無障礙標章2.0。
配合「文化藝術獎助及促進條例」第29條修正文物或藝術品財產交易所得採20%稅率分離課稅規定，110年11月1日起財政部稅務入口網提供各類所得扣繳稅額繳款書（15U）列印服務，讓民眾更便捷地辦理繳稅。110年7月起台新銀行及元大銀行陸續開辦行動支付繳稅服務，成為第16、17家提供該服務之單位。
因應嚴重特殊傳染性肺炎疫情，109年積極增修國稅、地方稅共計18項稅目徵課資訊及其相關之違章案件管制等系統功能，以加速稅捐稽徵機關審核作業流程，及時協助納稅義務人辦理延、分期繳納稅捐，紓解民困。 依據財政部94年11月17日台財稅字第09404565240號令，經移送執行機關強制執行，復經行政救濟撤銷重核稅捐之案件，稅捐稽徵機關須向執行機關聲請停止執行，109年配合新增移送執行（待）函請停止執行註記及相關功能，以有效增進徵納雙方和諧，降低稽徵機關處理爭議成本。 為有效管理民眾以不正當方法套取或冒、詐領統一發票獎金未追回金額移送執行作業。
110年建置追繳中獎發票獎金移送強制執行及其執行憑證管控作業功能，簡化稅捐稽徵機關追繳流程，降低移送作業管理成本。
為確保稅捐債權並兼顧納稅義務人權益，111年財政部核定「稅捐稽徵機關辦理高風險案件移轉財產通報及假扣押作業要點」，並建置高風險案件移轉財產通報作業資訊系統，簡化全國稅捐稽徵機關間高風險案件通報程序，整合查審、開徵、送達、欠稅清理與稅款保全等稅務作業流程，並透過即時交查不動產移轉申報資料及高風險通報案件，防杜高風險案件納稅義務人移轉財產以規避稅捐執行。
111年電子支付帳戶繳稅正式上線，計有5家業者參與本項業務，包含一卡通股份有限公司、歐付寶電子支付股份有限公司、悠遊付股份有限公司、愛金卡股份有限公司及橘子行動支付股份有限公司。
112年財政部賡續推動多項線上繳稅服務，1月1日開放扣繳單位得以活期(儲蓄)存款帳戶轉帳繳納扣繳稅款、3月1日起強制執行欠稅案件可採線上繳稅、8月1日起營利事業得以信用卡線上繳納營利事業所得稅查(核)定開徵稅款、11月1日起地方稅(含地價稅、房屋稅及使用牌照稅)逾期未繳納案件可透過掃描繳款書上的QR-Code進行線上繳納。
112年整合國稅及地方稅移送執行管制系統以配合民法第12條規定成年年齡下修為十八歲自112年1月1日施行，以保障納稅義務人權益及維護租稅公平，增加徵納和諧。
113年5月，整合金融與電子支付機構支付規格之「QR Code共通支付標準」改稱為TAIWAN QR Code(TWQR)，國稅及地方稅繳款書增印TWQR圖示以推廣民眾使用。11月，地方稅線上查繳稅服務開放地方稅網路申報網站線上及便利商店多媒體服務機查繳使用牌照稅、房屋稅及地價稅隨課案件，另法務部行政執行署開立經移送執行之欠稅案件傳繳通知書新增線上繳稅服務。