金門及馬祖長期身處臺海對峙的前線，民國45年6月間，行政院令頒「金門馬祖地區戰地政務實驗辦法」，自當年7月間開始，金門馬祖被列為戰地政務實驗地區，實施軍事政府的型態，在金門防衛司令部，以及馬祖守備區指揮部，分別設置政務委員會，作為該地區政務的指揮與監督機關，以便於軍事調度指揮。

民國80年5月，中華民國政府宣布終止動員戡亂時期，也宣告國內政治進入一個新的階段，民國81年11月間，金馬地區也因應解除了戰地政務。

在終止戰地政務之前，福建省金門縣內的國有土地，由金門縣政府依照金門馬祖地區公有財產管理規則第57條規定代為管理，當時連江縣（馬祖）內還沒有完成登記的國有土地，為了因應戰地政務解除，行政院於民國82年6月28日台（82）財字第21251號令中，指定福建省金門縣及連江縣，自7月1日起開始，作為國有財產法的施行區域，金門與馬祖等地區國有財產，即須依國有財產法等相關法令保管、使用、管理及處分，同時業務運作應有常設的機構主持。

當時國有財產局各地區辦事處組織通則草案，正進行立法審議過程當中，草案內包含在金門地區設立分支機構的組織架構。國有財產局為了辦理國有財產業務需要，並且照顧金馬地區民眾權益，決定以任務編組的方式，在金門設立臨時性的辦公室，研擬「財政部國有財產局駐金門辦公室設立方案」，報奉行政院民國83年2月15日台（83）財05454號函核准設立「財政部國有財產局駐金門辦公室」，並由行政院於民國83年2月15日以台（83）財05455號函請立法院查照。

民國83年7月17日，國有財產局駐金門辦公室正式掛牌運作，任務編組直屬於國有財產局，編制主任、副主任各1名，由國有財產局臺灣北區辦事處處長郭武博先生兼任首任主任，該處副處長劉慶輝先生兼任副主任。辦公室下設有3股，辦理金門、連江兩縣的國有財產業務。

國有財產局各地區辦事處組織通則經完成立法程序，於民國86年4月16日報奉總統公布施行之後，國有財產局便據以擬訂國有財產局各地區辦事處分等標準，以及國有財產局各地區辦事處分等設處方案，報奉行政院民國87年4月1日台（87）財字第18512號函核定，原國有財產局駐金門辦公室改設金馬分處，隸屬國有財產局臺灣北區辦事處。

民國87年6月8日，國有財產局金馬分處正式成立並且舉行設立掛牌儀式。編制主任1人，專員1人，承辦人員3至5人，首任主任由國有財產局臺灣北區辦事處課長劉定昌先生升任，為金馬鄉親及各級政府機關接續服務。

102年1月1日國有財產局組織調整為國有財產署，同日，臺灣北區辦事處及金馬分處調整為北區分署及金馬辦事處。

金馬地區納入國有財產法施行範圍見證了金馬地區戰地政務解除的歷史，也牽涉到國有財產署本身的組織調整。金馬地區納入國有財產法施行範圍之後，國有財產署提供服務更加完整。