國有財產署管理的國有非公用財產當中，以國有土地為最大宗。由於臺灣地區土地資源非常有限，因此國有財產署以「活化國家資產運用」作為近年來主要的施政方向，針對國有土地妥善管理規劃利用，以增加國家財富與人民的福祉。

臺灣光復初期，臺灣行政長官公署接收大批日產，民國40年6月27日，臺灣省政府訂頒「臺灣省放領公有耕地扶植自耕農實施辦法」，規定放領公地以省政府民政廳地政局為主管機關，各縣市政府為執行機關，國有農地交由各縣市政府進行管理，辦理公地放領、放租業務。

民國49年12月國有財產局成立(102年1月1日組織調整為國有財產署)之後，仍然依循前例，委託各縣市政府繼續管理，委託管理的國有土地，主要是都市計畫範圍內抵稅的公共設施用地，以及都市計畫範圍外的一般耕地、宜農牧地及宜林地，總數共約20萬筆，面積達到131,984公頃。

各縣市政府代管國有土地績效不彰，推展業務較為消極被動，以民國85年度為例，當年度解繳國庫的租金僅有新台幣兩千三百多萬元。立法院因此在審查財政部84年度預算時，做成附帶決議：國有財產局應廢除委託管理制度，限期收回委管土地，集中管理；監察院經濟、內政2個委員會也在民國83年10月5日到7日間，前往阿里山公路沿線實地勘查，請國有財產局檢討收回相關土地自行管理。

財政部在報奉行政院備查的「國有及公有被占用土地清理及處理方案」中，提示由國有財產局預先擬定代管土地收回自管對策，對於代管意願低落，或者管理績效不良的縣市，全部收回自行管理。國有財產局擬具「財政部國有財產局將委託各縣市政府管理之國有土地收回自管方案」，於民國85年7月報行政院核定，除了擬列入公地放領(行政院94年1月28日、96年9月6日、97年5月20日函核示公有山坡地、國有耕地、國有邊際養殖用地不再辦理放領)的土地，仍然由縣市政府繼續代管之外，其餘土地全部由國有財產局收回自行管理。

近年來國有財產署針對相關土地資源，採取積極處理無需保留公用國有土地、加強辦理委託經營，以及加強與各機關共同改良利用等方式，增加國有財產的收益。