民國25年修正的財政部組織法當中，規定由賦稅司掌國有財產之管理及考核事項，但目前國有財產署的沿革，主要是由抗戰後接收臺灣日產相續而來。
民國33年3月，國民政府於側重戰後復興工作的中央設計局下，設立了「臺灣調查委員會」，10月間臺灣調查委員會主任委員陳儀，呈報國民政府「臺灣接管計畫綱要草案」，其中第16節土地部分，規定「日本佔領時代之官有、公有土地，暨其他應行歸公之土地，應於接管後，一律收歸國有。其市地部分，應由地政機關規劃使用。」
民國34年8月15日，日本宣布無條件投降，10月25日，臺灣光復，日本在臺公私產業歸中華民國政府接收。由於日本統治臺灣達50年之久，財產接收工作極為繁重，因此在臺灣行政長官公署與警備總司令部合組的臺灣省軍事接收委員會下，特別設立日產處理委員會，設置秘書室、會計室、調查組、審核組、處理組，並在17個縣市當中，各自成立分會，負責接收工作，並且訂定相關法令。
臺灣省接收委員會於民國34年11月開始運作，主要負責接收日本公有產業；民國35年1月，政府開始遣返總數達292,713名的日本僑民，並且開始接收日人私有財產，於是在臺灣省接收委員會下設置日產處理委員會，專責處理日人財產接收，由於標售與清算業務繁重，7月1日另設日產標售委員會及日產清算委員會等單位。
民國36年4月，日僑遣返作業全部完成，日產接收工作完成，日產處理委員會與下轄機構結束工作。5月份起，公有財產清理工作另外設立日產清理處接續辦理，同時設立日產清理審議委員會，審議日產清理事項及糾紛案件；有關房屋基地估價、出售業務則委託公產公物整理委員會代為辦理。
民國38年11月，臺灣省政府將日產清理處及公產公物整理委員會裁併，改組為臺灣省公產管理處，隸屬於臺灣省財政廳，掌理全省公產整理及日產清理事宜，以便於統一事權，加速出售房屋、基地及審查產權案件。
除臺灣省公產管理處外，政府並另外設置公產管理審議委員會，同時在各縣市（局）政府內，設立公產室（股），民國41年7月，各縣市（局）公產室（股）結束未完成的房地出租、出售業務，一律交由財政廳接辦，9月公產管理處結束，將公產行政部門業務移交財政廳公產室接辦，並且將清理日產尚未完成業務，移交臺灣土地銀行公產代管部接辦，12月間，公產管理審議委員會也結束相關業務。
臺灣土地銀行於民國41年7月奉令接辦臺北市等9個縣市（局）日產房屋及基地之出租、出售業務，並且呈准設立公產代管部承辦。民國49年12月國有財產局正式成立(102年1月1日組織調整為國有財產署)，所有日產清理管理業務便由國有財產局接辦。
臺灣省接收的日本財產，可以分為日本政府公有財產、日人私有財產以及企業財產等3種：
其中日本政府公有財產部分，由日產處理機關登記後，移交財政主管機關接管。由中央機關接管的公有財產，屬於國有，是國有公用財產的主要來源；省屬機關、學校接管之前總督府所有財產，屬於省有；縣市政府接收之前州廳所有財產，屬於縣市有。
日人私有財產部分，總共接收房屋兩萬餘棟、土地近二萬甲，另有工場設備、原料成品、運輸設備及工具等動產，全部價值約合舊臺幣14億餘元，在接管後交付處理，處理後剩餘的財產及出租財產，是現有國有非公用財產來源之一。
日人企業財產部分，可以分為純日資、日臺合資及無日資企業3種。純日資企業收歸國有，無日資者，發還原股東，日臺合資者，辦理處理確定資本組成之後，將日人股份收歸國有，國人股份發還或換發新股處理。
在日據時期成立的各種組合，也就是合作社或農會型態部分，如為日臺合資者，依照合作社組織法規定，得改組繼續經營，並且清算其中日人股份予以退出。
統計接收的日人企業，共有1,265單位，其中純日資者643單位，日臺合資者622單位，價值舊臺幣18億餘元。財產除撥歸公營或轉撥各機關以外，其餘收歸國有，也是現有國有非公用財產來源之一。
在日人遣返之前，部分日人將財產贈與或廉價出售民眾，或者抵充債務，也有少數民眾塗改契約日期，蒙混取得財產，相關隱匿財產必須予以追回，自民國39年至41年，經臺灣省公產管理處審議者共898宗，其中產權有效者508宗，產權無效者351宗，其餘39宗，因欠缺有力證明文件，審查未能定案。
臺灣是日本南進政策的跳板，也是重要的軍事中繼補給點，因此在日本撤出之後，民間頗多盛傳，日本政府將物資埋藏於地下及港口，依行政院民國36年6月間訓令規定，准不視同敵產，由臺灣省政府處理，但軍用品應呈報聽候處理，沉船依打撈沉船辦法辦理。早期申請掘撈埋沉財產案件屬於國防部及警察機關受理，國有財產局無掘撈收獲之資料。自民國49年至80年，又有39件申請核准申請人自行挖掘，但是並無所獲。
臺灣省日產處理委員會、日產清理處及公產管理處曾先後擬訂補充或解釋有關日產處理法令共達三百多種，彙編印成「臺灣省日產清理法令彙編」、「臺灣省公產管理法令彙編」及「臺灣省日產處理法令彙編」四輯；有關日產接收處理情形，臺灣土地銀行公產代管部於民國43年3月編印有「臺灣省接收日人財產處理統計報告」。
由於接收日產數量、種類繁多，不動產遍及全省各處，接收、清理、管理、處理工作繁重，同時法規不夠完備，管理發生困難，經監察院決議，國有財產由中央設立專責機構管理為宜，民國49年12月12日，正式成立國有財產局，隸屬於財政部，主管國有財產管理事宜，民國58年1月27日，政府並公布「國有財產法」，使得我國國有財產管理進一步法制化。