國營事業
根據國營事業管理法的定義，國營事業包括幾種不同的型態，包括政府獨資經營，依照事業組織特別法規定，由政府與人民合資經營；以及按照公司法規定，由政府與人民合資經營，政府資本超過50％的企業，都屬於國營事業。
財政部除了將國營事業盈餘，作為政府整體歲入的一部份加以管理以外，本身也在不同的歷史階段，負責管理國營事業。由財政部管轄的國營事業，以銀行事業、保險事業、金融服務業與菸酒專賣事業為主，其中又以國家行局居最大多數。
民國成立之後，元年2月，改上海大清銀行為中國銀行，並且行使中央銀行職權；另於3年時，成立天津造幣總廠，鑄造通用銀元。
國民政府成立初期，因財政部長宋子文身兼中央銀行行長雙重身份，財政部逐步奠定中央銀行作為國家銀行的地位。
北伐成功、全國統一之後，政府立法將中央銀行定位為國家銀行、中國銀行為國際匯兌銀行、交通銀行為發展全國實業銀行，中國農民銀行則負責供給農民資金，復興農村經濟，促進農業生產的改良進步。
中央、中國、交通、中國農民四家銀行，經政府特許，可以發行紙幣，被通稱為「中、中、交、農」四大國家銀行。除此之外，財政部並且積極促成中國建設銀公司的成立，由國家銀行出資，促進國內外共同發展實業。
24年間，政府成立中央信託局，由財政部長孔祥熙兼任理事主席，中央信託局除了負有軍事採購的機密任務外，又陸續開辦信託、保險等相關業務，與財政部關係密切。
抗戰開始後，政府為了統合國營金融事業力量，於28年9月8日，公佈戰時健全中央金融機構辦法綱要，財政部函令中央、中國、交通、中國農民四家銀行，合組聯合辦事處，稱為四聯總處，並且負責經辦中央信託局，與原屬於交通部的郵政儲金匯業局相關業務，被習稱為四行二局；32年間，財政部對四大國家銀行進一步增加官股股份，並且提高官股董事在董事會中的比例。
17年時，財政部將上海造幣廠，改為中央造幣廠，同年並成立杭州造幣廠，負責鑄造業務；30年另由財政部委託中央信託局，成立中央信託局印製處與中央造紙廠，負責鈔券印刷，後來並改制為中央印製廠，之後因業務區分，而將中央造幣廠與中央印製廠的主管機關，改隸中央銀行。
34年抗戰勝利，臺灣光復之後，臺灣省行政長官公署陸續接收成立的銀行，包括臺灣銀行、臺灣第一商業銀行、彰化商業銀行、華南商業銀行、臺灣土地銀行、臺灣省合作金庫、臺灣中小企業銀行等銀行。臺灣省政府改組成立之後，相關金融機構改隸屬於省府之下，其中臺灣第一商業銀行、彰化商業銀行、華南商業銀行被並稱為省屬三商銀。
38年中央政府遷臺後，除中央信託局維持正常業務外，中央銀行、中國銀行、交通銀行與中國農民銀行損失大部資產，僅維持少數海外分行的運作；直到49年時，中國銀行、交通銀行復業，56年，中國農民銀行復業。
60年底，由於國際情勢變化，中華民國被迫退出聯合國，為避免中國銀行海外資產發生爭議，政府緊急將中國銀行改為中國國際商業銀行，並且改制民營。次年2月，財政部為簡併國營產險組織，改組成立中國產物保險公司，由國庫直接投資，納入財政部直轄體系；另外為辦理再保險業務，於是利用再保險基金的基礎，於57年成立中央再保險公司。
為配合國內經濟發展的實際需要，68年元月間，財政部成立中國輸出入銀行，協助企業取得優惠出口融資；74年9月，為了安定金融秩序，以及存款人權益，又成立中央存款保險公司。
財政部為了提昇國內金融與通關資訊化，分別成立相關公司永續經營服務。77年，財政部成立金融資訊服務中心，87年時改為財金資訊股份有限公司，負責國內金融整體資訊網路規劃與開發業務；79年，財政部成立「財政部貨物通關自動化規劃推行小組」，執行通關自動化政策，成功建置國內第一個全國性電子資料交換網路，85年間，由財政部與民間股東，共同出資成立關貿網路股份有限公司，繼續提供相關加值網路服務。
87年12月間，政府依據臺灣省政府功能業務與組織調整暫行條例規定，將原本的省屬行庫收歸國營，由財政部按照國營金融機構的相關規定管理；臺灣省菸酒公賣局收歸國營，並且於91年7月改制為臺灣菸酒股份有限公司；負責臺省土地開發的臺灣土地開發股份有限公司則改為民營上市公司，財政部仍派有公股代表，參與上述兩家公司的董事會運作；另臺灣省政府印刷廠改隸於財政部，名稱改為財政部印刷廠。
91年間，交通銀行、中國國際商業銀行、中國產物保險公司先後被納入兆豐金融控股股份有限公司，並更換名稱；95年時，合作金庫商業銀行與中國農民銀行合併，變更為合作金庫商業銀行股份有限公司；96年7月1日，臺灣銀行整併中央信託局，次年元旦，由臺灣銀行、臺灣土地銀行及中國輸出入銀行共同股份轉換成立臺灣金融控股公司，惟為遵照97年11月7日立法院第7屆第2會期第8次會議通過臺灣土地銀行及中國輸出入銀行退出臺灣金控之附帶決議，於97年12月20日辦理完成臺灣土地銀行及中國輸出入銀行退出臺灣金融控股公司相關作業；此外奉行政院核定中央存款保險公司股權管理自100年1月1日起移撥制行政院金融監督管理委員會辦理。
直至100年1月1日起，財政部派有公股董事的事業機構，包括臺灣金融控股公司、臺灣土地銀行、中國輸出入銀行、兆豐金融控股股份有限公司、第一金融控股股份有限公司、華南金控股份有限公司、合作金庫銀行、臺灣中小企銀、彰化銀行、中央再保險股份有限公司、財金資訊公司、臺灣菸酒股份有限公司及關貿網路股份有限公司等。
公股管理
(一) 組織現制
依據93年12月28日行政院財經會報第8次會議決議，中央政府公股股權自94年3月1日起分階段由本部統一進行管理，爰財政部訂定「財政部公股股權管理小組設置要點」，並奉行政院94年1月31日核定，第一階段除本部主管之國、民營事業及其轉投資事業外，其他部會具公股成分之民營事業及轉投資事業之公股股權均由本部設置「公股股權管理小組」集中管理。
后基於公股股權集中管理政策之階段性任務，依行政院指示已有調整，除95年10月31日配合修訂「公股股權管理及處分要點」規定外，財政部「公股股權管理小組」本係由國庫署第2組兼辦，為統一事權，將公股股權管理事務自96年1月1日起納入現有組織內，由第2組接管，「財政部公股股權管理小組設置要點」於97年10月8日經報院核准後停止適用。
為強化公股股權管理，行政院於98年11月27日核定「公股管理督導小組設置要點」，依該要點成立「公股管理督導小組」，採任務編組型態，由行政院副院長擔任召集人、秘書長為副召集人，財政部部長及經濟部等行政院所屬相關部會之副首長為小組成員，執行秘書由財政部次長兼任，並以財政部國庫署為幕僚單位。
(二) 訂定「臺灣金融控股股份有限公司條例」
臺灣金融控股公司定位為國家級金融控股公司，係依「金融控股公司法」及「公司法」等相關法律規定組設成立，惟財政部鑒於政府持股百分之百的國營金融機構，其組設宜有組織條例以為規範，爰擬訂「臺灣金融控股股份有限公司條例」，俾完備臺灣金控成立之法制程序。該條例於97年11月7日經立法院第7屆第2會期第8次會議三讀通過，並奉 總統97年11年26日華總一義字第09700249041號令公布。