一、菸酒稅立法背景
臺灣地區實施菸酒專賣，始於日據時代。臺灣光復後，民國（下同）36年5月在臺灣省政府之下，設菸酒公賣局，專職司菸酒專賣之行政管理及產製銷售。嗣後因應實際需要，行政院於40年6月正式委託臺灣省政府代辦菸酒專賣制度，並於42年7月7日公布臺灣省內菸酒專賣暫行條例，奠定菸酒專賣制度之法源。
在全球化與國際化趨勢下，我國於75年簽訂中美菸酒協議，開放外國菸酒進口；隨後於80年代間，政府積極申請加入世界貿易組織（WTO），在WTO架構下，延續了GATT「不歧視待遇」與「國民待遇原則」，故菸酒專賣改制成為我國加入WTO時與各會員國雙邊諮商之重要議題之一。我國在91年1月1日正式成為WTO會員國，並同時取消菸酒專賣制度，於同日起施行菸酒稅制。
二、菸酒稅重要修法歷程
- 89年4月19日制定公布菸酒稅法，自91年1月1日施行。
- 91年6月12日修正公布第17條至第19、第23條，增訂第22條之1；並自公布日施行。增訂菸酒稅徵收、納稅義務人、免稅、退稅及稽徵等規定，於菸品健康福利捐準用之，另增訂產製廠商未依規定申報菸品健康福利捐應加徵滯報金、怠報金及逃漏菸品健康福利捐之處罰規定。
- 95年1月18日修正公布第22條、第23條；自95年2月16日施行。為填補健保於吸菸病患之支出，將菸品健康福利捐由每千支（每公斤）徵收新臺幣（下同）250元提高至500元。
- 97年5月7日修正公布第2條、第3條、第8條、第10條；自97年5月16日施行。鑑於米酒已無單獨分類之需，爰將米酒之定義刪除，另參照菸酒管理法修正相關菸酒定義。又為引導消費者烹調使用料理酒，以降低對米酒之需求，爰將料理酒之從量稅額由每公升22元調降為每公升9元，使料理酒有降價空間，以促其推廣。酒精係製酒之原料，惟常供流用產製私酒，或被部分業者直接販售，擾亂酒類市場秩序，爰將酒精之從量稅額由每公升11元調增為每公升15元。
- 97年11月26日修正公布第21條；自97年11月26日施行。依據司法院釋字第641號解釋，將查獲超過原專賣價格出售專賣時期產製之米酒者，按超過原專賣價格之金額，處1倍至3倍罰鍰，以符合比例原則，並達到懲罰不法業者投機取巧目的。
- 98年5月13日修正公布第8條；自98年6月1日施行。將蒸餾酒類改按酒精度課稅，由每公升課徵185元，改為每公升按酒精成分每度徵收2.5元，使米酒之菸酒稅負擔合理化，降低廠商產製及民眾購買私劣酒誘因，緩和私劣酒問題，以保護消費者飲用酒品安全。
- 98年12月30日修正公布第22條；自98年12月30日施行。菸品健康福利捐係專款專用之捐費，性質上不屬賦稅範疇，菸害防制法業就其徵收法源、金額、評估、用途分配等事項訂有規範，爰將菸酒稅法有關菸品健康福利捐之規定刪除。
- 99年9月1日修正公布第2條；自99年9月16日施行。依據問卷調查顯示，有96.4％民眾將米酒作為烹調使用，此與加鹽料理酒用途近乎相同，爰於料理酒類下增訂料理米酒定義，將原按蒸餾酒類課稅之米酒，改按料理酒課稅。
- 為配合長期照顧服務法第15條規定之財源籌措，106年5月10日修正第7條，將各類菸品應徵稅額由每千支（每公斤）徵收590元調增為每千支（每公斤）徵收1,590元，並自106年6月12日施行。
- 106年6月14日修正公布菸酒稅法第18條、第23條，刪除滯報金及怠報金加徵滯納金、滯報金、怠報金及滯納金加計利息之規定；並增列納稅義務人因不可抗力或不可歸責之事由，致不能於法定期間內繳清稅捐，得於其原因消滅後10日內，提出具體證明，向稽徵機關申請延期或分期繳納經核准者，免予加徵滯納金之規定。
- 112年2月8日修正公布菸酒稅法第7條；自112年4月1日施行。定明紙菸、菸絲、雪茄以外之其他菸品應徵稅額，按每公斤或每千支徵收1,590元，取其高者。