海關博物館有許多令人驚奇的無價之寶，入口處陳展的佛塔便是其中之一。這尊佛塔足有3公尺高，塔身分為13層，其上有各種精美人物雕刻，或遠眺、或攀談，這尊佛塔與海關博物館其他陳展的刀械、槍械、違禁藥品與野生動物標本一般，都是海關查緝走私沒入的物品。

我國實行關稅自主之前，因不平等條約訂立協定稅則，稅率最高僅有5％，相當低廉，外國商賈多半願意循規納稅，相關完稅證明並可以攜至內地，減少沿路盤查，或被重複徵納。

隨著我國關稅自主，適度提高稅率，走私情況也日形增加，民國20年時，海關總稅務司署正式成立緝私科，負責查緝業務，在各個通商口岸以及沿海水域打擊走私；國民政府並於23年6月19日，制定公布海關緝私條例。

海關查緝走私可分為陸上與海上兩個部分，25年開始，海關成立海關防止陸運走私總稽查處，以及各個查緝站；查緝海上走私，更是海關的重點任務，在外籍總稅務司主政時期，就開始運用船艦進行緝私。

海關初期的外籍總稅務司都屬英籍，英國又是傳統海上強權，海關的海務系統相沿濃厚的英式作風，海關轄下的緝私艦隊，到23年時已擁有主力巡緝艦26艘、巡緝艇40餘艘，船隻來源包括國造、英造、法造、日造等，陣容相當龐大。

抗戰勝利後，海關又接收日本部分賠償艦艇，以及美國改裝的巡緝艦艇。38年時，海星號艦曾負責運送中央銀行黃金及白銀來臺的機密任務。政府撤遷來臺後，為嚴密管制海防，先後成立了多個單位，如在基隆與高雄成立港口司令部，主導港區查緝工作，海關改為負責進出口貨物查緝；59年時，由港務局、港務警察所、憲兵隊、檢疫所、港檢處、證照查驗隊和海關，組成聯合檢查中心，臺灣警備總司令部負責聯合檢查業務。

46年，海關總稅務司海務科在臺恢復編制；58年，升格為海務處，負責管轄海關的艦艇、燈塔與電台，編制逐年擴增。海關艦艇全盛時期，曾轄屬海關燈塔補給艦1、海關巡緝艦8、海關巡緝艇6、關艇29，另有4艘建造當中的巡緝艦。

80年代初期，行政院曾考慮是否由財政部與海關主導海防業務。但隨著89年1月28日，行政院海岸巡防署正式成立，海關主要的8艘巡緝艦，已經全數移撥行政院海岸巡防署海洋巡防總局使用，目前海關所轄艦艇尚有巡緝艇8艘及關艇13艘。

隨著航空科技的發展，空中運輸亦逐漸興起，而行李檢查與航空快遞貨物查驗隨之成為海關打擊走私之重點。依據海關統計資料，從民國97年7月至102年6月間海關查獲之緝私案件有34,500餘件，查獲之走私貨品價值達新臺幣10億餘元。

千奇百怪的走私方式與緝得物品，包括將安非他命裝在茶葉罐中，電熨斗與微波爐裡私藏手槍、掉包貨櫃轉運，牟取暴利等等，最終都被海關緝獲。相關走私物品，絕大多數交由主管機關銷毀，少部分典藏於海關博物館當中。

在欣賞各種沒入物品的同時，海關也特別提醒民眾，千萬不要在進出關時，接受來路不明的行李委託，以免被有心人士利用夾帶，誤觸法網，得不償失。出國購買紀念品時，如有違反野生動物保育法，或者槍砲彈藥刀械管制條例的可能時，更要忍痛割愛，以免衍生走私問題。